(1)影響生育質量：患生殖道疣的孕婦，在分娩時，通過產道的嬰兒可能被傳染，引起嬰幼兒的呼吸道尖銳濕疣。
(2)破壞眼睛及口腔：通過直接接觸或被污染的物品的間接接觸，可以導致眼結膜的乳頭狀瘤和口腔黏膜的乳頭狀瘤。
(3)潰瘍、出血：病變增大、增多后，可引起局部的異物和不適感。由于發(fā)病的部位多在包皮內、尿道、陰唇、陰道內、肛周等，這些部位容易受微生物感染，導致病變部位的潰瘍、化膿、出血、疼痛和腫脹。
(4)誘發(fā)癌變：惡性腫瘤是尖銳濕疣最嚴重的并發(fā)癥。HPV16、HPV18型感染后，如果治療不及時，在將來很可能導致陰莖癌，宮頸癌等惡性腫瘤，早期徹底治療是預防尖銳濕疣癌變的最有效方法。