尖銳濕疣容易與生殖器癌、扁平濕疣、假性濕疣、生殖器皰疹樣丘疹病及珍珠樣丘疹病混淆。一旦誤診對患者造成很大精神壓力，所以應(yīng)加以鑒別。
1.生殖器部位癌：多見于40歲以上或老年人，皮損邊界不清，有明顯的浸潤，常形成潰瘍，做病理組織學(xué)檢查可以鑒別。
2.扁平濕疣：為梅毒二期皮疹。為多個濕丘疹融合成片狀的皮損，多見于肛周，皮損處可查到梅毒螺旋體，梅毒血清試驗呈陽性反應(yīng)。
3.假性濕疣：又稱女性絨毛狀小陰唇。本病特征是在女性小陰唇的內(nèi)側(cè)為1～2毫米大小呈多發(fā)性、聚集性、顆粒狀，淡紅色的丘疹，如針鼻兒大小，融合成片，左右對稱分布;另一種表現(xiàn)如同絨毛狀凸起，外觀猶如機織的地毯絨毛。本病一般無自覺癥狀。多見于青年婦女，未婚和已婚均可發(fā)生，發(fā)病年齡主要在18～40歲之間。常出現(xiàn)白帶多，但呈蛋清樣，偶有癢感。其病因尚且不清，有人提出與霉菌的感染有關(guān);也有人認(rèn)為與外陰長期慢性的非特異性刺激或摩擦，導(dǎo)致腺體增生有關(guān)。其臨床表現(xiàn)顯然與尖銳濕疣的早期癥狀有明顯區(qū)別，但是，近年來被誤診為尖銳濕疣者并不少見。假性濕疣做醋酸白試驗呈陰性，病理學(xué)檢查也可以除外尖銳濕疣。
4.生殖器皰疹樣丘疹病：表現(xiàn)為生殖器部位多發(fā)性棕紅色小丘疹，直徑2～10毫米。外觀很像尖銳濕疣，但組織學(xué)檢查可以鑒別。
5.珍珠樣丘疹?。喊l(fā)生于男性的龜頭，沿龜頭冠狀溝有排列整齊的大小一致的珍珠樣丘疹，如針頭及粟粒大小，皮色如淡粉或紅色丘疹。本病病因不明，常見于青年男性。組織病理學(xué)檢查可以排除尖銳濕疣。