人類(lèi)乳頭瘤病毒有多種類(lèi)型和亞型，人們最初是通過(guò)低于50%已知人類(lèi)乳頭瘤病毒類(lèi)型脫氧核糖核酸交叉雜交率來(lái)確定一種新的人類(lèi)乳頭瘤病毒類(lèi)型，通過(guò)高于50%交叉雜交率而內(nèi)切酶不同來(lái)確定新的亞型，目前采用的分型標(biāo)準(zhǔn)為：待定人類(lèi)乳頭瘤病毒基因組ORF的E6，E7和L1序列較已知類(lèi)型同源性低于90%即為新類(lèi)型，有2%～10%的差異為新亞型，差異小于2%者為同型變異，基于聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)技術(shù)現(xiàn)已將人類(lèi)乳頭瘤病毒分為超過(guò)100種類(lèi)型，其中約75種已完成分子克隆和基因測(cè)序。
至少有35個(gè)型的人類(lèi)乳頭瘤病毒可以感染泌尿生殖道上皮，臨床表現(xiàn)有其型特異性，產(chǎn)生通過(guò)核酸技術(shù)可檢測(cè)的亞臨床感染，組織細(xì)胞學(xué)技術(shù)可檢測(cè)的亞臨床感染，尖銳濕疣，非典型增生，原位癌，鮑溫丘疹病，鱗狀細(xì)胞癌等廣泛的病譜，和尖銳濕疣高度相關(guān)的是HPV6，HPV11，其他還有HPV16，HPV18，HPV30，HPV31，HPV33，HPV42，HPV43，HPV54，HPV55等，大量的研究資料亦證明，HPV16，HPV18，HPV31，HPV33，HPV35，HPV39，HPV45，HPV51，HPV52，HPV54，HPV56，HPV66，HPV68等與生殖器表皮腫瘤發(fā)生有關(guān)。
人類(lèi)乳頭瘤病毒易感染黏膜和皮膚的鱗狀上皮細(xì)胞，性接觸部位的細(xì)小傷口促進(jìn)感染發(fā)生，基底細(xì)胞層a6整合蛋白可能是病毒附著的受體，L1蛋白在病毒結(jié)合，進(jìn)入細(xì)胞時(shí)起協(xié)調(diào)作用，基底細(xì)胞中的人類(lèi)乳頭瘤病毒抗原性弱，易逃避機(jī)體免疫系統(tǒng)的識(shí)別和清除，其基因早期表達(dá)E1和E2，E1蛋白是核酸磷酸化磷脂蛋白，并具有腺嘌呤和鳥(niǎo)嘌呤三磷酸化酶活性以及脫氧核糖核酸螺旋酶活性。E2蛋白既是轉(zhuǎn)錄的激活劑又是限制劑，通過(guò)固定在12-核苷復(fù)蘇物啟動(dòng)轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)，隨著向棘細(xì)胞分化生長(zhǎng)過(guò)程，攜有高復(fù)制人類(lèi)乳頭瘤病毒之脫氧核糖核酸的完整病毒顆粒出現(xiàn)在中上層細(xì)胞中，E6、E7編碼蛋白發(fā)揮了重要的轉(zhuǎn)化細(xì)胞功能，特別是在高危型人類(lèi)乳頭瘤病毒(HPV16、HPV18)感染中，概括而言，ORF早期區(qū)E1-E8主要負(fù)責(zé)病毒的復(fù)制且有轉(zhuǎn)化特性，晚期區(qū)L1和L2則和增殖及復(fù)制有關(guān)，病毒顆粒在角質(zhì)形成細(xì)胞終末分化階段裝配，子代病毒隨死亡角層細(xì)胞脫落而釋放。
體液免疫研究方面，人類(lèi)乳頭瘤病毒抗原曾采用過(guò)提取的病毒顆粒，細(xì)菌表達(dá)的融合蛋白，合成多肽等。研究表明，人類(lèi)乳頭瘤病毒抗體有型特異性，陽(yáng)性結(jié)果和疾病史強(qiáng)相關(guān)，抗體產(chǎn)生的速度很慢，滴度較低，一組新近感染HPV16的婦女，血清抗體陽(yáng)轉(zhuǎn)平均時(shí)間近一年，平均滴度1∶100，血清抗體維持時(shí)間尚不明確，有報(bào)告稱(chēng)尖銳濕疣型抗體可持續(xù)數(shù)十年，人類(lèi)乳頭瘤病毒的細(xì)胞免疫反應(yīng)一直被認(rèn)為在遏制病毒再活化和疣體消退中起重要作用，T細(xì)胞應(yīng)答強(qiáng)度和疣體的發(fā)生，持續(xù)時(shí)間及消退相關(guān)，近年研究發(fā)現(xiàn)，針對(duì)E6和E7的淋巴組織增生反應(yīng)與皮損消退和人類(lèi)乳頭瘤病毒感染的清除有關(guān)。在宮頸癌婦女的外周血，引流淋巴結(jié)和癌組織中檢測(cè)到對(duì)應(yīng)E4蛋白的細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞。
大量人類(lèi)乳頭瘤病毒疫苗接種動(dòng)物實(shí)驗(yàn)已證明，預(yù)防性接種病毒或基因重組殼粒蛋白L1、L2、E7、E6或E5可整體或部分保護(hù)宿主免受病毒攻擊，至少能加快排斥反應(yīng)產(chǎn)生，目前，已見(jiàn)人體人類(lèi)乳頭瘤病毒疫苗1期和2期臨床實(shí)驗(yàn)報(bào)告，人們希望從基因重組E7、E6等蛋白中確定有效的治療性疫苗，拓展人類(lèi)乳頭瘤病毒相關(guān)疾病的治療。
干擾素具有抗病毒，抗增殖和免疫調(diào)節(jié)活性，已成為治療人類(lèi)乳頭瘤病毒感染，尤其是泛發(fā)和難治性尖銳濕疣的輔助用藥，有效率報(bào)告在40%～60%，影響療效的因素有種類(lèi)、劑量和療程、給藥途徑、患者細(xì)胞免疫活性(與皮損表現(xiàn)有關(guān))、人類(lèi)乳頭瘤病毒類(lèi)型。劑量相關(guān)的副作用限制了較大劑量系統(tǒng)給藥治療，現(xiàn)多采用損害內(nèi)分區(qū)注射療法，尚無(wú)標(biāo)準(zhǔn)化方案，鑒于價(jià)格和給藥不便因素，治療對(duì)象常為其他方法失敗的患者，有人認(rèn)為損害內(nèi)注射療法早期治療效果好，報(bào)告治療初發(fā)性尖銳濕疣(HPV6或HPV11)有效率大于70%。