本病的病因及發(fā)病機理尚不十分清楚。雖有感染、遺傳、精神因素及過敏等發(fā)病學(xué)說，但都不能完全解釋本病的全貌。

(1)感染因素：尚未發(fā)現(xiàn)任何病毒、細(xì)菌或病原蟲與本病有何特異性聯(lián)系。此病急性期臨床表現(xiàn)及乙狀結(jié)腸鏡檢查，其炎性改變酷似菌痢，但反復(fù)大便培養(yǎng)以及結(jié)腸粘膜中未證實有細(xì)菌或病毒感染，使用抗生素治療效果不佳，故多認(rèn)為細(xì)菌感染不是潰瘍性結(jié)腸炎的直接發(fā)病原因。但患者腸道菌落計數(shù)卻多超過正常人，在有些病員的配偶及病人共同生活的家庭成員中均可檢測出淋巴細(xì)胞毒素，從大批病例隨訪中，確實發(fā)現(xiàn)有0.5%～8.2%的菌痢患者常常演變?yōu)楸静?。另外動物實驗中，若大腸腸道內(nèi)是無菌的，則往往不能形成潰瘍性結(jié)腸炎的動物模型。因此也不能排除腸道細(xì)菌在潰瘍性結(jié)腸炎發(fā)病中的作用。

(2)自身免疫因素：近年來最受重視，研究較深入，據(jù)研究事實有以下幾點支持自身免疫發(fā)病原因。①臨床常并有自身免疫性疾病。②體液免疫?；颊哐逯写嬖诙喾N自身抗體，如抗結(jié)腸抗體(主要為IgM)，其抗原是結(jié)腸上皮細(xì)胞內(nèi)的脂多糖，雖然對胎兒等結(jié)腸上皮細(xì)胞無細(xì)胞毒作用，但它能介導(dǎo)抗體依賴性細(xì)胞毒細(xì)胞，發(fā)揮向?qū)ё饔?，使?xì)胞毒細(xì)胞殺傷靶細(xì)胞——結(jié)腸上皮細(xì)胞；血清中還可能含有與結(jié)腸上皮細(xì)胞抗原起交叉反應(yīng)的抗大腸桿菌O14型等抗體。另外，血清中還常含有一種( 或一些)遏制巨噬細(xì)胞移行遏制因子。③細(xì)胞免疫。患者的淋巴細(xì)胞與正常成人或胎兒結(jié)腸上皮細(xì)胞共同培養(yǎng)，使結(jié)腸上皮受損，說明患者的淋巴細(xì)胞已被致敏，出現(xiàn)了細(xì)胞毒作用。這種細(xì)胞毒作用可由大腸桿菌O14、O19等的菌體中提出的脂多糖，刺激正常人淋巴細(xì)胞、激發(fā)K細(xì)胞而產(chǎn)生。細(xì)胞毒作用對本病是重要的致病作用。④免疫復(fù)合物存在?；颊呓Y(jié)腸固有膜中有IgG、補體C3的F及S表型和纖維蛋白的沉積的免疫復(fù)合物，血循環(huán)中的免疫復(fù)合物，很可能是引起腸道外病變的因素。⑤腸壁粘膜局部。常含有大量的IgG細(xì)胞，此系T8(遏制性)細(xì)胞減少、T4(輔助性)細(xì)胞增多的結(jié)果。⑥胸腺器官。免疫器官胸腺常常發(fā)生明顯增生和腫大，顯示淋巴濾泡及上皮細(xì)胞B細(xì)胞聚集，還可發(fā)現(xiàn)有逆病毒顆粒，可以由B細(xì)胞誘導(dǎo)傳播至其他細(xì)胞。⑦腎上腺皮質(zhì)激素治療常起到明顯的療效。

綜上說明，免疫學(xué)因素研究進(jìn)展較快，雖還不能認(rèn)識統(tǒng)一化，但已初見成果。感染為直接病因，而后引起自身免疫的致病變原因，已逐漸被廣大醫(yī)務(wù)工作者所接受。

(3)過敏因素：尤對食物過敏，如牛乳等。在某些病人中，當(dāng)從食物中剔除乳類時，可收到顯著的治療效果。另發(fā)現(xiàn)本病的腸粘膜對機械性刺激有過敏現(xiàn)象存在；又發(fā)現(xiàn)少部分病人空腸中缺乏乳糖酶，當(dāng)疾病急性發(fā)作時，外周血中可見嗜酸性粒細(xì)胞活躍增生，激素治療有效；本病患者的腸粘膜中肥大細(xì)胞增多，刺激后能釋放出大量組織胺物質(zhì)等，以上現(xiàn)象均提示本病和過敏反應(yīng)的密切關(guān)系。

(4)精神與神經(jīng)因素：本病患者病情復(fù)雜或惡化，每與精神緊張、內(nèi)心沖突和焦慮不安等情緒變化有關(guān)，因此身心因素在本病的起始和發(fā)展中可能起到重要作用。目前認(rèn)識到此為誘因，是一種通過植物神經(jīng)中介作用而產(chǎn)生的結(jié)腸的分泌、血管和運動反應(yīng)紊亂，每使此病促發(fā)或加劇惡化。

(5)溶菌酶學(xué)說：溶菌酶是一種溶解粘液的酶，其濃度在潰瘍性結(jié)腸炎病人中大量增多，而在痊愈時降低，認(rèn)為此酶在潰瘍性結(jié)腸炎病人體內(nèi)過度形成，使結(jié)腸失去粘液保護(hù)作用，而形成了便于細(xì)胞侵襲的局部環(huán)境。

(6)遺傳因素：歐美的家族發(fā)病率和種族間的發(fā)病率有明顯的差別，以及本病與某些HLA的相關(guān)性，均支持和遺傳因素有關(guān)。

綜觀上述有關(guān)因素，任何一種單獨存在都不足以致病，也不能使病勢急轉(zhuǎn)多變，因此目前認(rèn)為本病是受到免疫遺傳影響的宿主反應(yīng)及外源性刺激交叉互相作用而發(fā)生的多因素疾病。