此法主要是用抗體(大多為人類乳頭瘤病毒免疫動物后產生的多克隆抗體)查人類乳頭瘤病毒抗原和篩查人類乳頭瘤病毒類型，所用的方法有PAP法、ABC法、PAAP法等，前兩者較常用，經過組織切片、染色等一系列處理后，在空泡化細胞核內見到棕色顆粒狀沉著為陽性，主要分布于表皮淺層及角化不全的角質層內，數目多少不一，多呈灶狀分布，個別為散在分布。陽性對診斷有意義。陽性反應為只限于細胞核內棕色著色，如果胞漿顯淺著色，為非特異染色。
在組織切片中人類乳頭瘤病毒檢出率高于細胞涂片，在不彩虹別和不同年齡的患者中人類乳頭瘤病毒檢出率無差異。目前用于檢測人類乳頭瘤病毒抗原的抗體主要由人類乳頭瘤病毒1型免疫動物后所產的多克隆抗體，由于具有共同抗原，人類乳頭瘤病毒間存在著廣泛的交叉反應。
人類乳頭瘤病毒核殼抗原檢出率低的原因可能是：
①該方法只能是確認僅在后期病毒顆粒產生時出現的衣殼蛋白，這種情況只是人類乳頭瘤病毒生活周期的一個階段。
?、诒痉z測的核殼抗原不是所有受人類乳頭瘤病毒感染的細胞都能表達。
?、垡職た乖谋磉_與上皮細胞的分化程度相關。有人對上皮增生不良及癌樣病變進行檢測，發(fā)現該衣殼抗原的表達與上皮細胞的分化程度成反比，這一發(fā)現與衣殼抗原只出現在分化的角質形成細胞核內，通常是發(fā)育充分的空泡化細胞核內的現象一致，只有在組織學檢查中存在發(fā)育完全的空泡化細胞增多時才產生陽性反應。表明該抗原的表達受上皮細胞分化狀態(tài)的影響。
④取材局限，有人對尖銳濕疣皮損多處取材檢查，發(fā)現其陽性率隨之增高。如取材達4處以上，其陽性率可達100%。
?、輼吮窘浖兹┕潭ê椭破^程的處理，抗原或多或少受破壞。