此法主要是用抗體(大多為人類乳頭瘤病毒免疫動物后產(chǎn)生的多克隆抗體)查人類乳頭瘤病毒抗原和篩查人類乳頭瘤病毒類型，所用的方法有PAP法、ABC法、PAAP法等，前兩者較常用，經(jīng)過組織切片、染色等一系列處理后，在空泡化細(xì)胞核內(nèi)見到棕色顆粒狀沉著為陽性，主要分布于表皮淺層及角化不全的角質(zhì)層內(nèi)，數(shù)目多少不一，多呈灶狀分布，個別為散在分布。陽性對診斷有意義。陽性反應(yīng)為只限于細(xì)胞核內(nèi)棕色著色，如果胞漿顯淺著色，為非特異染色。
在組織切片中人類乳頭瘤病毒檢出率高于細(xì)胞涂片，在不彩虹別和不同年齡的患者中人類乳頭瘤病毒檢出率無差異。目前用于檢測人類乳頭瘤病毒抗原的抗體主要由人類乳頭瘤病毒1型免疫動物后所產(chǎn)的多克隆抗體，由于具有共同抗原，人類乳頭瘤病毒間存在著廣泛的交叉反應(yīng)。
人類乳頭瘤病毒核殼抗原檢出率低的原因可能是：
①該方法只能是確認(rèn)僅在后期病毒顆粒產(chǎn)生時出現(xiàn)的衣殼蛋白，這種情況只是人類乳頭瘤病毒生活周期的一個階段。
?、诒痉z測的核殼抗原不是所有受人類乳頭瘤病毒感染的細(xì)胞都能表達(dá)。
?、垡職た乖谋磉_(dá)與上皮細(xì)胞的分化程度相關(guān)。有人對上皮增生不良及癌樣病變進(jìn)行檢測，發(fā)現(xiàn)該衣殼抗原的表達(dá)與上皮細(xì)胞的分化程度成反比，這一發(fā)現(xiàn)與衣殼抗原只出現(xiàn)在分化的角質(zhì)形成細(xì)胞核內(nèi)，通常是發(fā)育充分的空泡化細(xì)胞核內(nèi)的現(xiàn)象一致，只有在組織學(xué)檢查中存在發(fā)育完全的空泡化細(xì)胞增多時才產(chǎn)生陽性反應(yīng)。表明該抗原的表達(dá)受上皮細(xì)胞分化狀態(tài)的影響。
④取材局限，有人對尖銳濕疣皮損多處取材檢查，發(fā)現(xiàn)其陽性率隨之增高。如取材達(dá)4處以上，其陽性率可達(dá)100%。
?、輼?biāo)本經(jīng)甲醛固定和制片過程的處理，抗原或多或少受破壞。